吸収合併の手続きまとめ！登記・契約の流れや社会保険の扱いを解説！

吸収合併とは、1つの企業(法人)が別の企業(法人)の従業員や資産など全ての資産・権利義務・負債を承継する合併手法のひとつです。

吸収合併では、吸収される側と吸収する側とに分けられ、吸収合併によってなくなる企業(法人)を消滅会社、存続する企業(法人)を存続会社いい、存続会社が消滅会社の一切を承継します。

吸収合併にかかる期間は、スケジュールや流れによっても違ってきますが、平均すると2~4ヶ月程度で行われることが一般的です。

吸収合併を検討している際は、まず全体の流れを把握しておくことが大切です。

【吸収合併の主な流れ】

この章では、吸収合併を行う際の基本的流れをみていきましょう。

【吸収合併の手続きの流れ】

1. 吸収合併契約の締結
2. 吸収合併の承認手続き
3. 株主・債権者等の利益保護の手続き
4. 吸収合併効力の発生
5. 変更登記・解散登記
6. 吸収合併後の手続き

吸収合併を行うためには、吸収合併契約書の締結が必要です。合併契約書を締結するということは、合併条件についてお互い合意しているという意味になるため、事前に当事者間でしっかり話し合っておくことが大切です。

【吸収合併契約書に記載する主な内容】

• 存続会社、消滅会社の各会社に関する情報
• 吸収合併によって交付される予定の株式や金額などの内容
• 合併の効力が発生する日

吸収合併は、その効力発生日までに取締役会と株主総会で承認されなければ、手続きを進めることができません。

取締役会を設置していない場合は、取締役の過半数の承認あるいはれ以外の業務執行決定機関に承認が必要です。

合併契約の締結には、業務執行決定機関の承認が必要になります。業務執行決定機関というのは、多くの企業では取締役会での承認を表します。

上場している株式会社の場合は取締役会を設置は必須ですが、それ以外で取締役会が設置されていない場合は、取締役の過半数の承認あるいは業務執行決定機関によって承認を得なければなりません。

取締役会で承認を得た後は、効力発生前日までに株主からの承認を得る必要があります。

株主による承認を得るためには、株主総会の招集通知を送った後、株主総会決議で吸収合併についての承認を得ます。

株主総会は、一般的に開催日の1週間前までに株主へ通知しますが、上場企業の場合は株主総会開催日の2週間前までには株主に通知を行います。

また、非上場企業で書面投票や電子投票を行う場合は、株主総会開催の2週間前までに招集通知を送ります。

吸収合併を行う際は、会社法に従い株主・債権者などの利益保護手続きを行い、手続きが完了した旨の証明書類を提出しなければなりません。ここでは、株主と債権者に対する保護手続きの流れについて解説します。

株主への通知・公告は、まず株主総会の招集通知を送り総会を行い、合併の承認決議などを行います。

吸収合併の承認は多数決で行われるため、吸収合併の賛否に関係なく株主に通知します。

吸収合併を行うためには株主総会特別決議の承認が必要となりますが、株主全員の承認が必要ではないため、ある一定数の反対株主が存在するのが普通です。

このような少数の反対株主の権利を保護するために、合併を承認していない株主に対して保有している株式の買取を請求できる「反対株主の株式買取請求権」があります。

債権者による異議手続きは、吸収合併を行う会社が官報公告や個別通知に異議申し立てを受け付けることを記載し、債権者保護を行います。

債権者は、期限までに異議を申し立てなければ承認したとみなされます。もし、吸収合併によって債権者に損害が生じる場合は、債権者からの異議申し立てに応じる形で保護手続きを行う必要があります。

債権者とは、会社に対して金銭などの請求権を有している者のことをいいます。吸収合併を行うと、今後の会社の方向性が大きく変わるため、債権者の権利も保護しなければなりません。

しかし、債権者は株主総会での決議には参加できないため、債権者を保護するためには別の手続きが必要になります。

債権者を保護するための手続きは、吸収合併を行うことの公告や事前に開示書類を公開し、もし反対する債権者がいる場合、会社は担保提供・弁済・財産の信託などの方法で対応します。

吸収合併を行う会社は、株主や債権者に対して、対価に値する事項・合併の契約内容・法務省令で定める一定事項を記載した書類を用意しなければなりません。

作成した書類は、以下いずれかの早い日から合併の効力発生日後6ヵ月を経過する日まで、本店に置いておく必要があります。

株主と債権者は、本店に置いている営業時間内であれば、これらの内容をいつでもみることができます。

• 株主総会の日の2週間前の日
• 株主に対する通知または公告の日のいずれか早い日
• 債権者に対する催告または公告の日のいずれか早い日
• 新株予約権者に対する通知または公告の日のいずれか早い日

吸収合併契約を締結してから手続きが順調に進んでいれば、効力発生日の予定日に合併の効力が生じます。

しかし、効力が発生しただけでは合併の完了とはならないため、効力発生日以降に登記申請を行わなければいけません。

効力発生日が過ぎたら、その後2週間以内に吸収合併の登記を行なわなければなりませんが、その際は存続会社と消滅会社のどちらも行う点に注意が必要です。

存続会社が行う登記申請の手続きには多くの書類の提出が必要となり、それとは別に登録免許税の支払いや、収入印紙代も必要になります。

消滅会社の解散登記は、税務署へ30,000円を支払えば登記手続きが完了しますが、もし清算人に任せている場合は、清算人の登記申請と9,000円も必要になります。

登記手続きは手数料が発生するだけではなく、その重要性が高いため専門家に手続きを依頼することも多いです。

【合併の登記申請に必要な書類】

• 合併契約書
• 株主総会議事録
• 官報公告等を証明する書面
• 委任状（司法書士に依頼する場合）

吸収合併後の主な手続きには、以下の3つがあります。

• 独占禁止法上の届け出
• 許認可などの届け出
• 事後開示書類備置の開始

独占禁止法は、事業活動の基本的なルールを定めたものであり、公正で自由な競争を目指すための法律です。

独占禁止法では、その市場を独占しようとすることや、事業者が共同して競争を制限する行為などを禁止しています。

もし、独占禁止法に違反すると、排除命令や課徴金納付命令が出されたり、消費者から損害賠償請求を受けたり、株主から株主代表訴訟を起されたりするなど、企業の信用が一気に低下してしまう危険性があります。

吸収合併後は、許認可などの届け出を行わなければなりません。許認可の別法人への承継は、一般的には認められていません。

そのため、消滅会社が持っている許認可を合併後も必要な場合は、存続会社において新たに申請し、取得し直すことが必要です。

吸収合併の効力発生日以降、存続会社の本店に事後開示書類を6ヶ月間備置することが法令で定められています。

【事後開示書類に記載する主な内容】

• 効力発生日
• 消滅会社の法定手続きについて
• 変更登記日
• 権利義務について

吸収合併を行う流れや手続きは非常に複雑であり、どれも正しく行わなければならない重要なものばかりです。

これらの手続きを間違いなくスムーズに進めるためには、M&A仲介会社などの専門家に依頼することをおすすめします。

M&A総合研究所では、吸収合併に精通しているアドバイザー・会計士・弁護士が徹底的にフルサポートいたしますので、複雑な手続きも安心してお任せいただけます。

料金体系は完全成功報酬制となっており、成約まで一切費用はかかりませんので、吸収合併をご検討の際は、まずはお気軽にM&A総合研究所の無料相談をご利用ください。

この章では、一般的な吸収合併のスケジュールの流れについてみていきましょう。例えば、1月上旬に吸収合併契約締結が承認され3月に効力が発生する場合は、以下のような流れで進んでいきます。

吸収合併を行う際は、社会保険の手続きも必要になります。この章では、健康保険・雇用保険・労働保険のそれぞれの手続きについて解説します。

健康保険の取り扱いについては、合併を行うことにより消滅する会社は、被保険者資格の喪失手続きが必要になります。

また、消滅する会社は、管轄の年金事務所や健康保険組合に対して「健康保険・厚生年金保険適用事業所全喪届」の提出も必要です。

【消滅会社と存続会社の手続きおよび必要書類】

• 消滅会社の手続き：社会保険資格喪失届、適用事業所全喪届
• 消滅会社の必要書類：健康保険被保険者証、解散登記の記載がある法人登記薄謄本
• 存続会社の必要手続き：社会保険資格取得届、被扶養者異動届

失業給付や高年齢雇用継続給付など、雇用保険の給付に関しては一定の被保険者期間が必要になります。

吸収合併によって、退職後にすぐ入社するという形で消滅会社の従業員の手続きを行うと、被保険者期間が一回リセットされてしまい、不利益が生じる可能性があります。

このような不利益を回避するために、消滅会社と存続会社の両社が「同一事業主の認定手続き」を行う必要があります。

【消滅会社と存続会社の手続きおよび必要書類】

• 消滅会社の手続き：雇用保険事業所廃止届、同一事業主認定手続き
• 消滅会社の必要書類：法人登記薄謄本、合併契約書、雇用保険被保険者名簿
• 存続会社の必要手続き：同一事業主認定手続きの必要書類の準備など

消滅会社は労働保険料の精算・納付が必要になり、還付金が発生する場合は還付金請求手続きを行います。

存続会社において、合併により申告済の労働保険料に大幅な増加がある場合は、増加概算保険料の申告と納付が必要になります。

また、事業内容が同じで、消滅会社を存続会社の営業所などにする場合は、労働保険成立手続きと継続事業一括手続きが必要です。

【消滅会社と存続会社の手続きおよび必要書類】

• 消滅会社の手続き：労働保険確定保険料申告書、労働保険還付請求書
• 消滅会社の必要書類：解散登記の記載がある法人登記薄謄本
• 存続会社の必要手続き：必要手続き：労働保険成立、一括申請

吸収合併の存続会社は、効力発生日後に登記の手続きを行わなければなりません。登記手続きには、登記申請書の記載および会社法で決められた必要書類の提出が必要です。ここでは、存続会社と消滅会社それぞれの登記手続きについて解説します。

まずは、存続会社が行う吸収合併の手続きをみていきましょう。

存続会社は、法務局で変更登記申請書を期限が過ぎるまでに提出しなければなりません。

変更登記申請書には、登記事由や登記内容などの必要事項を記載し、収入印紙を貼り付けほかの添付書類と一緒に提出します。

存続会社が登記を行う際に必要な書類には、以下のものがあります。漏れがないように事前にしっかりと準備をしておきましょう。

• 登記申請書
• 合併契約書
• 合併契約の承認に関する議事録か証明書
• 債権者保護手続を証する公告と催告証明書
• 資本金計上証明書

存続会社は、吸収合併の効力が発生した日から2週間以内に、記載した変更登記申請書などの必要書類を管轄の法務局に提出しなければなりません。

また、合併した後にもし存続会社の資本金が増えた場合、その金額に対する登録免許税を管轄の税務署に支払わなければなりません。

続いて、消滅会社が行う手続きについて解説します。

消滅会社は、解散登記申請書に記載を行った後、期限が過ぎてしまう前に法務局へ提出する必要があります。その時に登記すべき事項には、解散する日付を記載します。

消滅会社が登記を行う際に必要な書類には、以下のものがあります。存続会社同様、漏れがないように事前にしっかりと準備をしておくことが大切です。

また、消滅会社は解散登記申請書以外は必要書類はなく、申請書を提出した後に3万円の解散登記代金を支払って全て終了となります。

• 消滅会社の登記事項の証明書
• 株主総会議事録と取締役会議事録
• 債権者保護手続きの書面
• 登記を委任する場合は委任状

消滅会社は、管轄の法務局へ解散登記申請書を提出しなければならず、また必要なのであれば清算人選任の登記も同じように提出しなければなりません。

吸収合併の登記費用としては以下のような費用がかかります。

• 契約書作成にかかる費用
• 登記申請にかかる費用
• 公告に必要な費用

契約書を作成するためには1通につき4万円の収入印紙が必要となります。

そのため、もし契約書を存続会社と消滅会社で1通ずつ用意する場合は、各々に収入印紙の費用がかかりますが、現在は契約書に関しては原本が1通あれば良いことになっています。

登記申請を行う場合に関しては登録免許税の費用も必要となり、その費用は吸収合併した後の資本金の増加額によって課税額が変わってきます。

登録免許税は吸収合併の効力発生した日以降に、存続会社は登録免許税を管轄の税務署に払わなければいけません。

登録免許税の金額に関しては吸収合併したことによって資本金が増加した分に課されます。

しかしもし、資本金が増加しなくても課されその場合の金額は30,000円となります。

吸収合併により資本金が増加した場合は、資本金の増加分に1000分の1.5を乗じて計算し、その金額が課されます。

もし算出した金額が30,000円以下だった場合の登録免許税に関しては30,000円になります。

また、合併前の存続会社と消滅会社の資本金よりも合併後の資本金の方が多くなった時に関して、資本金の差額に1000分の7を掛けて計算します。

合併契約を締結した後は、公告で決められた期限内に株主や債権者などに対して通知しなければいけません。

公告の仕方としては官報公告や電子公告、新聞がありますが、一般的には官報公告か電子公告を行います。

費用に関しては公告の種類や期限などによって変わりますが、5～15万円程度となっています。

社員への雇用契約の手続きは吸収合併に伴い、消滅会社で契約していた雇用契約がそのまま存続会社に引き継がれるため手続きは必要ありません。
 
また、吸収合併による存続会社への雇用契約の承継については、消滅会社の労働者の同意を得る必要はなく、吸収合併に伴い、雇用契約を含めてすべての権利義務が存続会社に承継されることになります。

吸収合併を行う際に関して、これまで解説したようにさまざまな手続きが必要になるため、自分自身のみでの対応は非常に困難になっています。

そのため、吸収合併などのM&Aを行う際は、専門家によるアドバイスが必要となります。

M&A総合研究所では、吸収合併などのM&Aに精通している会計士と弁護士がM&Aをフルサポートいたします。

料金体系は完全成功報酬制となっており、成約まで一切費用はかかりませんので、安心してご利用いただけます。

M&A総合研究所では無料相談を随時受け付けておりますので、吸収合併でお悩みの際は、どうぞお気軽にご相談ください。

吸収合併する際の注意点としてはさまざまありますが、以下の2点があります。

• 特例有限会社の扱い
• 税務署への届け出

会社法によって定められている会社の種類としては以下の5種類あります。

1. 株式会社
2. 合名会社
3. 合資会社
4. 合同会社
5. 特例有限会社

この中で特例有限会社は会社法施行前に設立されており、特例有限会社を除く4種類が吸収合併を実施するができますが、特例有限会社が合併会社になることは認められていません。

そのため、特例有限会社を合併会社したい場合は、合併を行う前に株式会社などへと変更する必要があります。
 

吸収合併を行った際は税務署に以下の書類を提出する流れとなっています。

• 異動届出書
• 合併による法人の消滅届出書

税務届出書は、忘れやすくなっていますが、提出しないと受けることができない節税対策などもあるため、忘れずに提出することが重要になります。

以下に吸収合併の手続きの流れについてまとめます。

【吸収合併の流れ】

1. 吸収合併契約の作成と締結
2. 吸収合併契約の承認
3. 株主や新株予約権者への通知
4. 債権者保護手続き
5. 吸収合併の効力が発生

【吸収合併の手続き】

1. 吸収合併契約の締結
2. 吸収合併の承認手続き
3. 株主・債権者等の利益保護の手続き
4. 吸収合併効力の発生
5. 変更登記・解散登記
6. 吸収合併後の手続き

【登記に必要な書類】

• 消滅会社の登記事項証明書
• 株主総会議事録、取締役会議事録
• 債権者保護手続き書面
• 委任状(登記を委任する場合)

【吸収合併する際の注意点】

• 特例有限会社の扱い
• 税務署への届け出

【特例有限会社の扱い】

1. 株式会社
2. 合名会社
3. 合資会社
4. 合同会社
5. 特例有限会社

吸収合併を行うためにはさまざまな手続きを行わなければならず自分自身で行うことは非常に難しくなっています。

そのような際はM&A総合研究所にご相談下さい。

M&A総合研究所では、吸収合併などのM&Aに対して経験豊富な会計士と弁護士がM&Aをフルサポートいたします。

料金体系は完全成功報酬制となっており、成約まで一切費用はかかりませんので、安心してご利用いただけます。

M&A総合研究所では無料相談を随時受け付けておりますので、吸収合併でお悩みの際は、どうぞお気軽にご相談ください。